其後移知湖州,又被以作詩譏刺朝廷之罪被捕,御史將處東坡以死罪,蘇轍立刻上疏願除官哥哥贖罪,慈聖曹太后認為蘇東坡是無辜的,而神宗也無意殺他,於是貶為黃州團練副史,想想以前名聲大躁以致獲罪,這時他反而有不為人識的欣慰。
哲宗即位後,東坡奉召還朝,宣仁太后召見,太后命坐賜茶,又撤御前金蓮燭台送他回院,這是他最光榮的時刻。回朝之後,東坡不吐不快的個性,使得他於元祐四年,為當道所忌,被貶知杭州,上任時,杭州人焚香列隊歡迎,他在此地修建了我國第一所公立醫院。
其後奉詔回京,但後又自請外放,出知穎州,哲宗以後,舊調重彈,仍因詩詞譏刺先朝,被外放至惠州,其後又被外放至更遠的昌化,等到徽宗即位大赦天下,最後提舉他為成都玉局觀,他的一生浮浮沈沈,歷盡滄桑,一路走來感嘆人生的無常,最後竟然病逝常州,一代才人就此隕落,死時六十六歲。